کتابخانه یکی از اساسی ترین بخش های فرهنگی در یک نهاد است. بر اساس این نیاز، موسسه قرآنی محمد بن جزری نیز از بدو تاسیس در بخش تجهیز کتابخانه تلاش نموده و بخشی از کمک های خیریه را به کتابخانه اختصاص داده است.
درسال های آغاز به کار موسسه مجموعه ی کتاب های کتابخانه تنها 300 جلد بوده، که خوشبختانه در این دو سال اخیر گسترش یافته و از 300 جلد به 1400 جلد رسیده است، یعنی تقریبا 4 برابر افزایش داشته است.
بخش های مختلف کتاب های موسسه شامل: بخش مرجع، علوم قرآن و دینی،سیره و تاریخ اسلام، تربیتی و روانشناسی، علمی، تاریخ و ادبیات، داستان های قرآنی و پیامبران، قصه ها و داستان های عمومی می باشد.
کتاب ها بیشتر از نمایشگاه کتاب تهران و نمایشگاه های سطح شهر شیراز خریداری شده است و بخشی نیز کتب اهدایی است که از طرف خود قرآن آموزان به موسسه هدیه داده اند. کتاب های خریداری شده قبل از قرار گرفتن در قفسه های کتابخانه به صورت نمایشگاه جهت بازدید قرآن آموزان قرار داده شده و پس از ثبت وارد کتابخانه و آماده ی امانت می شوند.
خوشبختانه استقبال قرآن آموزان کودک، نوجوان و بزرگسال از کتابخانه موسسه بسیار خوب بوده، اما به علت کمبودها جواب گوی درخواست های قرآن آموزان نبوده و نیازمند توسعه و تجهیز بیشتر می باشد.
